在出口退税中，除普通出口货物之外，还会涉及到海关特殊监管区域货物的出口退税，如保税区和出口加工区，当外贸企业或出口货物属于特殊监管区域范围内时，就需要按照相关的特殊规定办理退税或委托代理公司代办退税。

海关特殊监管区域是经国务院批准，设立在我国境内，被赋予承接国产业转移，联接国内国际两个市场，由海关为主实施封闭监管的特定经济功能区域。有保税区、出口加工区、保税物流园区、跨境工业园区、保税港区和综合保税区6种模式。

保税区是在海关的监管之下，对为制造出口货物而进口的原材料、零部件以及在区内储存、加工、装配后需复出境的货物，准予暂缓办理纳税手续的区域。

保税区货物出口退税原则为：货物从保税区外运入保税区内不退税。但出口企业将货物存放于区内仓储企业，待货物实际离境后，可凭出口备案清单和出口报关单等退税。

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