出料加工合同备案的办理流程：

1.开展出料加工应报外经贸主管部门审批，由外经贸主管部门认定有关出境加工是否属于国内“不能加工”、“难以加工”，是否属于“简单加工”、“有限加工”。如果出料加工中有属于国家禁止出口或限止出口商品的，则应报外经贸部审批。

2.出料加工项下出口的料、件或半成品，免于缴纳出口关税，但是如果出口的料、件或半成品属于应征出口关税的商品，经营单位应当缴纳相当于出口关税税款的保证金，在经营单位办理合同核销手续后退还。

3.出料加工项下加工成品复运进口后不再加工出口的，海关对其加工增值部分，即以加工后的货物进境时的CIF价格与原出境货物或者相同、类似货物在进境时的CIF价格之间的差额作为完税价格，以复进口的加工货物确定进口税率，计征进口关税和进口环节增值税、消费税。如上述两种价格都无法得到时，可用出境货物在境外加工支付的工缴费加上运抵中国关境输入地点起卸前的包装费、运费、保险费和其他劳务费用作为完税价格。出料加工项下加工成品复进口后再加工出口的，如符合进料加工条件的，经企业申请和海关核准，可以按进料加工规定给予办理保税手续进口。

4.出料加工项下自料、件或半成品出口之日起，在境外加工的期限为六个月。加工后货物应按期复运进口。如情况特殊需延长加工期限的，应在到期前书面向主管海关提出延期申请。经海关核准后可以延期，延长的最长期限不超过三个月。如果逾期不复运进境，对原出口的料、件或半成品应当办理一般贸易出口手续。

5.为了加强对出料加工货物的监管，海关可对出料加工项下出口的料、件或半成品附加识别标志、标记或取样留存，以确保出料加工后成品复运进口。

经营单位应当遵守出料加工的有关管理规定，按出料加工合同履行义务，不得以境外产品顶替进口，也不得以出料加工名义逃避国家对出口贸易的管理。