蛇口港区为深圳市重要的水、陆客货运输枢纽和设备齐全、综合性、多功能的对外开放口岸，主要经营散杂货、客运、集装箱、油气品和船舶维修。该港区内主要有蛇口招商港务股份有限公司、蛇口集装箱码头有限公司、深圳招商石化有限公司、深圳联达拖轮有限公司、友联船长有限公司等。

泊位：现有500吨以上泊位43个，其中万吨级以上深水泊位13个，生产性泊位35个，非生产性泊位5个，修船泊位3个，最大靠泊能力为7.5万吨级，货物综合吞吐能力1316.5万吨，其中集装箱吞吐能力65万标准箱。码头岸线长5405米。已开通的水上客运航线有：深圳(蛇口)-香港、澳门、珠海、海口等。

仓库堆场：生产仓库面积为4.4万平方米，堆场面积15.8万平方米，集装箱堆场12.85万平方米，可堆存集装箱9200个。

装卸机械：各类主要装卸机械为211台，其中起重机类41台，最大起重能力45吨;装卸搬运机械101台，运输传送机械51台，专用机械18台。

港作船舶：港作船4艘，总功率7644千瓦，其中拖轮2艘，最大功率2572.5千瓦。

赤湾港区是条件优越的石油服务基地和重要的深水港。港区面积2.2平方公里，西半部是商业码头区，东半部为石油后勤供应基地。港池面积56万平方米。该港区主要有赤湾港航股份有限公司、凯丰码头有限公司、赤湾集装箱公司、深圳赤湾石油基地股份有限公司、赤湾壳牌石油贸易联营有限公司、华英石油联营有限公司、深圳赤湾轮船运输公司、主要经营集装箱、散杂货、油气品等。

泊位：码头泊位21个，其中万吨级以上深水泊位8个，最大靠泊能力6.5万吨级，其中石油基地三用泊位7个，商用泊位12个，工作船泊位2个，货物综合吞吐能力1091.9万吨，其中集装箱吞吐能力55万标准箱，码头岸线长3039.5米。

仓库堆场：现有生产仓库面积10.9万平方米，堆场面积25.3万平方米。

装卸机场：各类主要装卸机械240台，其中起重机械27台，最大起重能力为50吨，装卸搬运机械93台，传送运输类机构113台，专用机械7台。

港作船舶：港作船2艘，其中拖轮2艘，总功率为3748.5千瓦，最大功率为2352千瓦。

该港区内主要有圳华港湾企业有限公司、深圳市石油公司蛇口油库、深圳岩谷液化石油气公司等，主要经营散杂货、油、气品。

泊位：码头泊位5个，最大靠泊能力1000吨，货物综合吞吐能力40万吨，码头岸线长217米。

仓库堆场：现有生产仓库面积4620平方米，堆场面积1.54万平方米。

装卸机械：各类主要机械21台，其中起重机械5台，最大起重能力16吨，装卸搬运机械16台。

该港区内主要有海星港口发展有限、深圳乐意液体仓库仓储有限公司、深圳月亮湾油料港务有限公司、南油港口仓储发展有限公司、深圳市沪星拖轮有限公司、深圳市能源港务有限公司等，其主要经营散杂货、液体化工产品、油品和煤炭等。

妈湾港区面临珠江矾深水航道，以涨潮流为主，含沙量少，港区天然水深9～14米。

泊位：码头泊位11个，其中万吨级以上深水泊位6个，最大靠泊能力5万吨级，货物综合吞吐能力1149万吨，码头岸线长2543米。深圳港妈湾港区一号泊位2000年2月顺利通过验收。该泊位建设规模为3.5万吨级，高桩梁板结构，码头岸线长174米，前方承台宽18.9米。

据悉，一座占地29907平方米、仓容10万吨的国家粮食储备库将在妈湾海星公司港区内兴建。该项目是国家计委和国家粮食储备局为了落实国务院关于建设中央直属储备粮库仓容500亿斤的决定而确定的。国家计委已将妈湾粮库确定为第二批中央直属储备粮库建设项目中唯一一个粮库，并发出了立项批复。而妈湾港区一号泊位正是为这个粮库而配套建设的。业内人士称：此粮库的年周转量将达100万吨，而一号泊位由此将为其业主深圳海星港口发展有限公司带来几百万元的年收入。专家称：此泊位是珠江口水域大型深水泊位之一，是一座能适应货源变化要求的散杂货码头。

仓库堆场：生产仓库面积7500平方米，堆场面积5万平方米。

装卸机械：生产用装卸机械136台，其中起重机械11台，最大起重能力为60吨，装卸搬运机械24台，输送机械58台，专用机械43台。

盐田港区位于大鹏湾海域西北部，距大鹏湾14海里。大鹏湾口门宽10公里，水域面积为250平方公里，湾内水深达10～20米。由于大鹏半岛与九龙半岛的环抱，形成天然屏障，湾内水深浪水、不淤，是少有的天然良港。

2000年6月2日，历时3年的深圳港盐田港区二期集装箱码头建设工程全面竣工，并通过了深圳市的验收。盐田港区二期集装箱码头工程包括3个5万吨级集装箱专用泊位及12台岸边集装箱起重机、27台集装箱龙门吊等相关配套设施，年设计吞吐能力为120万标箱。二期工程总投资约39亿港元。目前盐田港区一、二期集装箱码头总吞吐能力超过170万标箱。

该港主要企业有盐田国际集装箱码头有限公司、盐田港股份有限公司、深圳东鹏轮驳公司等，目前以经营集装箱为主。

泊位：现有泊位12个，其中万吨级泊位8个，货物综合吞吐能力1360万吨，其中集装箱吞吐能力170万TEU,码头岸线长2600米.生产性泊位6个，非生产性泊位6个。

仓库堆场：仓库面积1.58万平方米，堆场5万平方米。

装卸机械：各类装卸机械46台，其中起重机械5台，最大起重能力20吨。

该港区主要企业有深圳机场港务公司、深圳空港工贸发展公司、主要经营客运、散杂货和航空燃料等。

码头：现有1000吨级油料码头1个，通用泊位2个，客运码头2个，货物综合吞吐能力51万吨，码头岸线总长370米。

已开通的水上客运航线有：深圳(黄田机场)—香港。

下洞港区及沙渔涌港区： 下洞港区为深圳东部地区油气品专用港区，沙渔涌港区位于深圳市东部大鹏湾中部龙岗区境内，为该地区提供日杂百货的运输服务。以上两港区内主要企业有深圳大鹏港湾集装箱货运码头有限公司、深圳市新鸿光码头有限公司、中鹏石油联营公司大鹏湾油库存、深圳华安液化石油气有限公司、主要以油、气品为主，有部分散杂货。

泊位：现有泊位15个，最大靠泊能力为5万吨，其中油气泊位9个，通用泊位6个。货物综合吞吐能力473万吨，码头岸线长2602.4米。

仓库堆场：仓库面积6000平方米，堆场面积1万平方米。

装卸机械：装卸机械16台，其中起重机械4台，最大起重能力16吨，装卸托运机械6台，输送机械4台，专用机械2台。