众所周知，办理出口退税是有时间限制的。有些公司因报关单超期而错过了规定的退税申报期，申报时退税审核系统显示已过期不能办理申报。那么，这些公司还能办理出口退税吗？

根据《国家税务总局关于出口退税若干问题的通知》（国税发〔2000〕165号）第一条规定，保税区外的出口企业销售给外商的出口货物，如外商将货物存放在保税区内的仓储企业，离境时由仓储企业办理报关手续的，保税区外的出口企业可凭货物进入保税区的出口货物报关单、仓储企业的出口备案清单及其他规定的凭证，向税务机关申请办理退税。

由于该《通知》同时规定，保税区海关须在上述货物全部离境后，方可签发货物进入保税区的出口货物报关单。对保税区海关在货物离境后根据货物进入保税区的日期签发出口货物报关单，可能造成出口企业申报退税时超过退税申报期而无法退（免）税的问题。

国家税务总局在《关于经保税区出口货物申报出口退（免）税有关问题的批复》（国税函〔2005〕255号）作出解释性规定，对符合国税发〔2000〕165号文件第一条规定的出口货物，出口企业可以最后一批出口货物的备案清单上海关注明的出口日期为准申报退（免）税。

因此，上述公司可凭最近一份出口备案清单向出口退税机关申请办理出口退税。