总公司和分公司是独立核算的。当分公司采购时，由总公司帮付款（使用对公户转账付款）双方挂个往来.

你采购时，由总公司代为付款，你应该做分录

借：应付账款－单位

贷：其他应付款－总公司

货物收到时，无发票

借：原材料－暂估

贷：应付账款－暂估

两个月以后来发票了，冲掉暂估，按发票记账

借：原材料－暂估 红字

贷：应付账款－暂估 红字

按发票记账

借：原材料

借：应交税费－应交增值税（进项税）

贷：应付账款